En 1549, murió el padre de un joven noble llamado Oda Nobunaga, dejando a su hijo algunas tierras, algo de dinero y un grupo de seguidores samuráis. Con 11 años ya había derrotado a todos sus opositores y se había apoderado de la provincia de Owari. Oda, un visionario y líder militar brillante, adoptó rápidamente las nuevas armas de fuego, los mosquetes, y los usó con una eficacia mortífera contra los que se interpusieron en su camino. En 1562, se alió con Tokugawa Ieyasu, un señor feudal vecino que se convertiría a su vez en uno de los mayores líderes de todos los tiempos.
En la década de 1560, Nobunaga prosiguió su avance y capturó Kioto, el centro de poder histórico de Japón. En 1573, depuso al shogun y consolidó su poder ceremonial y real. Cuando murió asesinado en 1582, Oda ya había unificado casi la mitad de Japón. Consulta el artículo de la Civilopedia sobre Oda para más detalles sobre la vida de este líder excepcional.
A Oda lo sucedió Toyotomi Hideyoshi, el hijo de un campesino que había destacado como guerrero y, posteriormente, como comandante al servicio del primero. En 1590, Hideyoshi ya había unificado todo Japón. Como parte de su política para fortalecer el gobierno central, desarmó a los campesinos e instituyó una reforma fiscal. También instauró un sistema feudal, obligando al campesinado a permanecer en sus aldeas y a los artesanos y mercaderes a quedarse en las ciudades. Hideyoshi murió en 1598, y Tokugawa Ieyasu ocupó su lugar. En 1603, se le concedió el título de shogun.
Tras haber utilizado sin ningún reparo armas y soldados occidentales para conseguir la unificación de Japón, Tokugawa empezó a verlos como una amenaza para su gobierno. Él y sus herederos erradicaron casi por completo el cristianismo de Japón, expulsaron prácticamente a todos los occidentales de las islas y prohibieron el uso de mosquetes a todo el mundo, salvo a sus guerreros. Durante los siglos siguientes, Japón permaneció tercamente aislado de Occidente, lo que probablemente lo salvó de la humillación de la colonización y ocupación europeas que sufrieron muchos de sus vecinos asiáticos.