En los años siguientes al derrocamiento de Askia, ningún otro líder fue capaz de hacerse con el poder y conservarlo durante un periodo de tiempo relevante. El hijo de Askia, Musa, reinó durante tres años. Lo siguió Mohamed II, que estuvo seis. Los dos siguientes líderes duraron dos y diez años, respectivamente. En 1549, subió al trono Askia Daoud, que gobernó durante 33 años, hasta 1582. Esta relativa estabilidad se vino abajo cuando el sultán de Marruecos asaltó los valiosos depósitos salinos de Songhai en Taghaza.
El final llegó en 1591. Al ver que Songhai se encontraba débil y dividida y, lo que era más importante, carecía de armamento moderno, un ejército marroquí armado con mosquetes lanzó un gran ataque. Los marroquíes derrotaron por completo a los guerreros songhai, expulsaron a sus líderes a las colinas y capturaron las importantes ciudades de Tombuctú y Gao. En una campaña asombrosa, habían borrado del mapa a todo un imperio.